潛伏期為病患暴露病毒後至發病所需時間，對於各種防治措施的訂定十分重要，可用以確認接觸者的追蹤及居家隔離所需期間，一般亦以二倍潛伏期的時間來判斷流行是否己經結束；醫師也可根據病患症狀出現時間及病史，據以初判是否為SARS。

不過潛伏期常因暴露途徑、病毒劑量及個人免疫狀況等因子而有所差異，有些病人甚至有多重病毒暴露的可能性。故世界衛生組織只選擇有明確且單一暴露史的新加坡、加拿大及歐洲病患進行研究，分析結果仍支持將SARS的最長潛伏期訂為十天。

至於五月七日出版的「刺胳針（The Lancet）」科學期刊，以57名香港病人為研究對象的論文顯示有較長的潛伏期（涵括95%病患的潛伏期需14.22天），可能係因上述因素及樣本數較少，加上方法學、診斷特異性及感染劑量不同而得到不同結果，世界衛生組織建議應進行更詳細的分析。而潛伏期的真值恐怕要等到找到好的實驗診斷方法，能夠對病患進行確診後才能有較肯定的解答。