有時候服用某些藥物或者罹患某些疾病也會造成肥胖，例如服用類固醇或者是抗憂鬱藥的可能會造成肥胖，而內分泌失調的過度肥胖(endocrinopathic obesity)、甲狀腺機能減退(hypothyroidism)也是導致過度肥胖的內分泌失調症。患者通常都有新陳代謝率過低及食慾不振的問題。

當一個人已經遵照減肥食譜進行，但是體重依然增加，那就有可能是新陳代謝問題導致的過度肥胖，這時候要求助專業的醫生，調整您的飲食及運動習慣，以符合肥胖者的新陳代謝水準。

另外，有些憂鬱病患者在接受抗憂鬱藥物後，也會伴隨體重增加的副作用。如果使用腎上腺皮質激素之類的藥物治療過敏性疾病、風濕病、類風濕病、氣喘病等，也有發胖的後遺症。

因為服藥或疾病的關係導致肥胖，約占肥胖症的2％左右，一般情況而言，只要停止使用這些藥物後，肥胖情況可自行改善，不過，有些患者從此成為"頑固性肥胖"患者。