截至目前為止，SARS的傳染途徑已經出現飛沫、空氣、糞便污染水源等等，但是都還未有一個確定的答案，台灣大學流行病學研究所所長林瑞雄又提出另一個新的推測，也就是會經由性行為傳染，林瑞雄認為，女性SARS患者陰道內的體液黏膜有可能在非急性期經由性行為傳染給對方。
經衛生署委託赴港了解SARS防疫的林瑞雄，之前就認為SARS是不會從空氣傳染的。林瑞雄假設，SARS的主要病原應是變種的冠狀病毒，SARS感染者不見得都會把病傳染給人，只有在病程後期發生呼吸窘迫時，體內有大量的病毒，並透過人體某種機制，加強病毒的毒性，病人所噴出的飛沬會造成近距離接觸者受到感染。但是對於非急性期的病患傳染其他人的方式，林瑞雄認為是另有途徑。
林瑞雄推測，SARS可能經由性行為傳染。這種傳染途徑，很可能是SARS的女病人在未發病時，病毒就存在於女性的陰道分泌物中，經由性行為把病毒傳染給男性，但是男性生殖器的黏膜細胞不同，不會經由精液把病毒傳染給女性。
衛生署副署長李龍騰認為，SARS的病毒喜好人體的口腔、腸道、陰道等部位的特定黏膜細胞，這些黏膜細胞的某些物質，可以幫助病毒加工及變化，增強病毒的毒性，產生更高的傳染力，這可能是林瑞雄論點的依據，但是目前還不能確定性行為是否會傳播病毒。
林瑞雄呼籲民眾代口罩並不能有效預防SARS，反而是要養成多洗手的習慣，以正確的洗手方式，排除病毒的侵入預防SARS。另外，民眾若到疫區工作或旅遊，最好要潔身自愛，以免感染。
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