由於運動神經元疾病的早期症狀，是以手腳無力或是反射增強為主，因此常常被誤認為是頸椎神經受壓迫所致；而部分患者會以吞嚥、呼吸困難為主，也很容易被物診為食道問題或是神經質；因為早期症狀不典型，所以需由神經專科醫師進行診斷。

　　目前ALS的診斷仍是仰賴病史、神經學檢查以及一些生化及儀器的檢查；在診斷上必須要有：臨床、電生理或病理的下神經元病變徵象、臨床的上神經元病變徵象、及病徵在同一區域惡化或擴展至其他區域；同時必須排除：可解釋臨床症狀的其他疾病之電生理異常、及可解釋臨床症狀的其他疾病之影像異常。

　　診斷分類則有以下幾點：確定的(definite)：三區域出現上神經元及下神經元症狀；很可能的(probable)：上神經元及下神經元症狀在兩區域出現且上神經元症狀高於下神經元症狀；可能的(possible)：上神經元及下神經元症狀在一區域出現或上神經元症狀在兩個或三個區域出現；可懷疑的(suspected)：在兩個或三個區域出現下神經元症狀。

　　上神經元症狀包括：精細度變差、肌力減退、痙攣、病態反射、彎曲痙攣及假性延髓徵象；而下神經元症狀包括：肌力減退、肌肉萎縮、反射降低、肌肉顫動、及易抽筋。